Theo chính phủ nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam: ông Nguyễn Văn Lý đã xa rời con đường hành đạo chân chính, lợi dụng chiếc áo của nhà tu hành tham gia nhiều hoạt động chống phá chính quyền nhân dân, tuyên truyền và phát tán những tài liệu chống lại chính phủ và nhà nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam, và bắt liên lạc với những tổ chức chính trị ở trong và ngoài Việt Nam gây mâu thuẫn và phá hoại đoàn kết dân tộc. (Xem )

Theo bản dịch của Báo Nhân dân của cuộc phỏng vấn của chủ tịch nước Việt Nam Nguyễn Minh Triết với CNN, Hội đồng Giám mục Việt Nam, Tòa thánh Vatican, nơi quản lý, bảo vệ quyền lợi cho các linh mục trên toàn thế giới cũng đồng tình ủng hộ chính phủ Việt Nam, họ có đầy đủ thông tin rằng ông Lý có một số hoạt động vi phạm luật pháp Việt Nam[4]. Tuy nhiên, nguyên bản tiếng Anh của CNN không nhắc đến việc Hội đồng Giám mục ủng hộ[5][6], Hội đồng Giám mục Việt Nam đã gửi thư đến chủ tịch Nguyễn Minh Triết và ra công văn lên tiếng bác bỏ việc họ ủng hộ chính phủ trong việc khởi tố Linh mục Lý[7].

Tờ The Wall Street Journal, trong một bài xã luận, đã nhắc đến Linh mục Nguyễn Văn Lý như một trong những người xứng đáng được trao Giải Nobel Hòa bình năm 2007 hơn Al Gore[8].

Ngày 1 tháng 7 năm 2009, 37 Thượng nghị sĩ Hoa Kỳ viết thư kêu gọi Chủ tịch nước Việt Nam thả tự do linh mục Nguyễn Văn Lý "ngay lập tức và vô điều kiện". Những nghị sĩ này tin rằng phiên tòa kết án ông có nhiều sai lầm.[9][10]